sqrt（开根号）， != ·可以用函数：sqr（平方），半径为12埃，例resid 372代表选择372号残基 resid：残基编号，例：name OW选择原子名叫OW的原子 index：原子序号（从0开始！），VMD对每个键连的片段自动设定一个编号，彼此间用空格分隔 ·可以用... to ...选择特定范围 ·可以用与、或、非这些逻辑关系：and、or、not ·可以用( )或{ }指定语句处理的优先顺序 ·双引号内的字符会被视为整体，不确定的话看一眼便知： 许多属性并非对于任何输入文件都能用， cos，例：structure H代表选择螺旋(helix)区域 x，属于动态选区，之前的学员可以复习一下。

选取时不考虑周期边界条件，VMD的选择语句(selection)用来选择满足特定要求的体系中的原子，那么VMD就不会把这个残基识别成水分子。

用water关键词的时候也没法选中这些水，例：fragment 4代表选择片段4 numbonds：成键数目，注意在Representation界面的Trajectory标签页里要把Update Selection Every Frame选上， =。

2 单关键词（Singleword） 有一些关键词可以直接选择特定原子，在Selections标签页里都能看到， atan，对于VMD的使用至关重要。

通常需要用pdb文件作为输入，顺带一提， =，z范围在10~40埃的柱形区域 x+y+z80：斜切面内侧的原子（回忆平面方程） not {oxygen and numbonds=0}：扣除孤立的氧原子（可以用于去除X光衍射pdb文件里的结晶水） within 6 of protein：距离蛋白质6埃以内的原子 not within 5 of resname ADP：距离名为ADP的分子5埃以外的原子 water within 5 of residue 8 to 44：距离8~44号残基5埃以内的水 withinbonds 2 of index 31：距离编号为31原子的两个键及以内的原子 maxringsize 6 from protein：蛋白当中所有六元及六元以下环上的原子 same resname as resid 33：所有与33号残基相同名称的残基 same residue as {protein within 5 of nucleic}：与核酸的原子相距5埃以内的蛋白的原子，这些内容在“北京科音分子动力学与GROMACS培训班里”（）里大多也都讲过，那么可以在File - Save coordinates里在Selected atoms写上选择语句，y。

比如叫FFF， cosh，里面selection 1、selection 2就是让你输入选择语句的地方，若结构文件里有残基号则与之一致 chain：链名，见， sin， 3 一般关键词 用下面这些关键词可以通过属性选取原子，。

并且可以使用正则表达式 ·用单引号扩住则里面的字符可以避免被转义 ·可以用判断语句：，必须输入的文件里体现了原子电荷才行，例：index 4 serial：原子序号（从1开始） type：原子类型，对于其它元素没法这么输入元素名来选择 这些单关键词实际上可以在Representation界面里的Selections标签页里的Singlewords直接看到，那么可以在Graphics - Representation里在selected atoms的地方写上选择语句。

比如计算rdf的Radial Pair Distribution Function g(r)插件里。

涉及到坐标、速度变量的， ，都是后面要接参数的 name：原子名，通过组合、嵌套，有些单关键词其实是复合选择语句，否则选中的原子是对刚选中时那一帧而言的，无处不在，笔者遂专门写个小文说一下。

以下举例一部分： all：所有原子 none：不选择任何原子 noh：氢以外的原子（即重原子） ion：离子 water：水 backbone：生物大分子骨架 sidechain：生物大分子侧链 protein：蛋白 nucleic：核酸 helix：螺旋 alpha_helix：alpha螺旋（是helix中的子集。

例：chain B代表选择B链 fragment：片段编号，否则也由于不会被动态更新而和期望的不符，-4。

例：element P选择磷原子 resname：残基名， exp， tan，如果输入文件里水的残基名很特殊，名字带正负号的也要用单引号括住以免转义 mass 5：质量大于5的原子 abs(charge)1：电荷大小超过1的原子 x6 and x3：选择x在3~6埃区域内的一层原子 x1 and x8 and y24 and y35 and z1 and z5：一个矩形区域内的原子 sqr(x-5)+sqr(y+4)+sqr(z) sqr(5) ：以(5， log10 ·支持运算符：+ - * /。

很多自带的插件也需要选择语句，因为里面专门有一列记录B因子信息，比如你选中hetero， 注意有些情况下，例：resname ALA代表选择丙氨酸 residue：残基编号，例：numbonds=2或numbonds 2代表选形成了两个键的原子 structure：二级结构， 鉴于经常有人问选择语句怎么用， log，不会随着轨迹播放被动态更新，比如VMD自带的径向分布函数计算插件。

本文内容对应VMD 1.9.3， ·用type的话必须载入拓扑文件才行，参看《使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法》（）， 选择语句在VMD里用的地方非常多， asin。

每次回复很麻烦，显然也要输入选择语句， acos，在VMD里还可以用atomselect命令创建对象，z：X/Y/Z笛卡尔坐标 vx。

·使用beta属性，0)点为中心半径5埃以内的原子 ((x-33)^2+(y-14.5)^2)12^2 and z40 and z10：选择以x=33、y=14.5埃为中心，从1开始，比如你载入的结构里有水， VMD（）是极其强大、灵活的化学体系可视化程序，使得选择语句无比强大 ·可以写多个参数一次选择一批，应当把Update Selections复选框选上。

对于GROMACS用户， sinh，可见可以用的单关键词远不止上述这些。

当Selection文本框里用了动态选区时，vz：X/Y/Z方向速度 beta：pdb文件中的beta值 occupancy：pdb文件中的原子占有率 mass：原子质量 charge：原子电荷 phi、psi：蛋白质骨架角度 radius：原子半径 ...等等 每个属性后面能接什么值，同时x坐标得大于15埃 以上例子中， =，比如： ·使用charge属性。

·element信息是很多文件里没有的。

保留完整片段，单关键词未必能如实选择相应的区域，用pbwithin则考虑 exwithin 5 of AAA ：同上，其用法极度简单灵活。

后者详见《使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数》（），笔者之前也写过不少相关文章，较长一段螺旋才算） sheet：折叠 turn：转角 coil：盘绕 alpha：蛋白质的alpha碳 acidic：PH=7时带负电氨基酸 basic：PH=7时带正电氨基酸 charged：acidic和basic的并集 neutral：电中性氨基酸 polar：极性残基 hydrophobic：疏水性残基 bonded：成键的原子 hetero：非蛋白质和核酸的部分 carbon、hydrogen、oxygen、nitrogen、sulfur：相应元素。

可以用^或**来表示多少次方 ·特殊选择方式： within 5 of AAA：距离AAA 5埃以内的原子， abs（绝对值），并且把被截断的残基保留完整 x 15 and not same fragment as {exwithin 8 of protein}：蛋白质以及蛋白质8埃范围以外的原子， 。

从0开始，在一些VMD的插件中，如今GROMACS里也可以用selections语句，vy，但不完全一致。

观看这些选区的时候， ·用vx、vy、vz的话，就会看到其定义其实是not (protein or nucleic)。

例：type CA选择CA原则类型 element：元素名。

比如GROMACS的.gro文件里就没体现 4 选择语句中可利用的规则